Le secrétariat général est placé sous la responsabilité d'un Secrétai re général nommé par décret pris en Conseil des Ministres sur proposition du Ministre de tutelle technique. Il assiste le Directeur général dans la gestion de l'ENAM.
Il est chargé de la coordination administrative et technique des structures centrales et des structures déconcentrées. Il. assure l'intérim du Directeur général en cas d'absence ou d'empêchement.
Le Secrétaire général peut être assisté de deux (02) chargés d'études nommés par décision du Directeur général sur proposition du Secrétaire général. Les chargés d'études assurent l'étude et la synthèse des dossiers qui leur sont confiés par le Secrétaire général. Ils ont rang de chef de service.